Στην πεδινή και ημιορεινή περιοχή του νομού Σερρών υπάρχουν σημαντικοί υδροβιότοποι με διεθνή σημασία. Ο σημαντικότερος και πιο γνωστός είναι αυτός της Κερκίνης. Δημιουργήθηκε με την τεχνητή ανθρώπινη παρέμβαση στον Στρυμόνα ποταμό. Αποτελεί έργο που έχει μεγάλη ωφέλεια για τη γεωργία και παράλληλα είναι υδροβιότοπος για χιλιάδες ζώα και πουλιά.

Η έκταση της λίμνης ποικίλλει από 54250-72110 στρέμ. ανάλογα με την εποχή. Θαυμασμό προκαλούν τα παραποτάμια δάση, τα νούφαρα, και η ποικιλία των ψαριών που αποτελούν και πηγή εισοδήματος για πολλούς κατοίκους της περιοχής. Η λίμνη τροφοδοτείται με νερό κυρίως από το Στρυμόνα και λιγότερο από τους Κερκινίτη και Κρούσια. Δημιουργήθηκε το 1932 όταν έγινε το φράγμα στην περιοχή του Λιθότοπου ώστε να συγκρατεί τα νερά του ποταμού Στρυμόνα και αργότερα χρησιμοποιήθηκε σαν μέρος αποθήκευσης νερού για την άρδευση της πεδιάδας του Νομού. Το 1982 λόγω της μείωσης της χωρητικότητας της λίμνης εξαιτίας των φερτών υλών από το Στρυμόνα κατασκευάστηκε νέο φράγμα.

Η Κερκίνη προστατεύεται από τη σύμβαση Ραμσάρ και αποτελεί περιοχή του Ευρωπαϊκού Δικτύου «Φύση 2000». Στην περιοχή της Κερκίνης συναντούμε πολλά είδη θηλαστικών όπως το τσακάλι, το λύκο, την αγριόγατα, τη βίδρα, τη νυφίτσα, το ζαρκάδι, το λαγό, το αγριογούρουνο κ.λ.π. Υπάρχουν 10 είδη αμφίβιων και περίπου 20 είδη ερπετών. Η ιχθυοπανίδα είναι επίσης πλούσια αφού υπάρχουν 30 είδη ψαριών. Στην περιοχή γύρω από τη λίμνη έχουν καταγραφεί περίπου 300 είδη πουλιών. Ο Αργυροπελεκάνος και η Λαγγόνα που ζουν εκεί είναι μοναδικά στον κόσμο είδη, απειλούμενα με εξαφάνιση. Υπάρχουν και πολλά σπάνια αρπακτικά όπως ο χρυσαετός, ο βασιλαετός, ο πετρίτης, ενώ η περιοχή αποτελεί μοναδικό πεδίο έρευνας σχετικά με τους υγρότοπους και τη διαχείριση τους.

Τα τελευταία χρόνια η Κερκίνη γνωρίζει μεγάλη τουριστική ανάπτυξη και με την ελεγχόμενη αξιοποίησή της βοηθά και στην ενίσχυση των εισοδημάτων των κατοίκων της περιοχής. Οι σημαντικότερες απειλές για τη λίμνη εκτός από τις φερτές ύλες του Στρυμόνα είναι, η ρύπανση του Στρυμόνα, η παράνομη υλοτόμηση, η παράνομη αλιεία, το παράνομο κυνήγι, οι επισκέψεις στις αποικίες των πουλιών που έχουν αρνητικές συνέπειες στην αναπαραγωγή τους και η ανύψωση αναχωμάτων που συντελεί στην ελάττωση των ειδών των ψαριών. Στη λίμνη ζει και ο μεγαλύτερος πληθυσμός βουβαλιών στην Ελλάδα: υπολογίζεται ότι ξεπερνούν τα 500. Η λίμνη και η περιοχή γύρω από αυτή προσφέρεται για περιβαλλοντική εκπαίδευση και αποτελεί ιδανικό μέρος για την ανάπτυξη του οικοτουρισμού ώστε να συγκεντρώνει πλήθος ανθρώπων που αγαπούν τις ειδικές μορφές τουρισμού και την οικολογία.